Avec le FC Bassin d’Arcachon il est en 2005, champion DH Aquitaine, vainqueur de la Coupe de la Région Aquitaine et vainqueur de la Coupe du District Gironde Atlantique. Il refuse par ailleurs le poste d’entraîneur du FC Nantes Atlantique proposé par le repreneur du club Waldemar Kita pour remplacer Michel Der Zakarian, arguant de son amitié pour celui-ci et, maillot om de ses bons résultats actuels. Finalement, estimant que les conditions idéales ne sont pas réunies à Strasbourg, il refuse le poste. Deschamps ne le retient pas parmi les vingt-trois sélectionnés, mais il fait partie des huit réservistes, pour la Coupe du monde 2018 que la sélection française remporte. Une gerbe de fleurs est également déposée sur la tombe de l’abbé Deschamps. Il est le meilleur buteur du Championnat de France en 1988 (19 buts), en 1989 (22 buts), en 1990 (30 buts), en 1991 (23 buts) et en 1992 (27 buts), le meilleur buteur de la Coupe de France en 1989 (11 buts) en 1991 (7 buts) en 1992 (4 buts) et le meilleur buteur de la Ligue des champions en 1990 (6 buts), en 1991 (6 buts) et en 1992 (7 buts).
France Football. En 1990, il remporte le Onze de Bronze et est membre de l’équipe de l’année France Football. Il a ainsi laissé une forte empreinte dans le football français, à tel point qu’un mouvement porte son nom : la papinade. La ville n’est plus qu’un immense champ de ruines au milieu duquel se dresse, intacte, la silhouette massive de la base sous-marine. Les saisons suivantes ne sont pas plus brillantes, avec des éliminations sévères au premier tour face à Manchester United puis les Glasgow Rangers. Ancien supporter du FC Porto, André Villas-Boas ne garde pas de très bon souvenir de JPP. Villas-Boas a le souvenir de la reprise de volée de Papin dans la lucarne lors de Porto-Milan du 3 mars 1993. Ce n’est pas son plus beau souvenir. Le problème s’aggrave surtout la saison suivante : en 1986, le FCN perd Touré (Bordeaux), ainsi qu’Halilhodzic et Ayache (PSG) et les recrues ne sont pas du même ordre (Philippe Anziani, Patrice Garande, Julio Olarticoechea). Le 6 mai 2006, il prend en charge l’équipe première du Racing Club de Strasbourg pour la saison 2006-2007. Il commence ainsi sa carrière d’entraîneur au niveau professionnel en prenant en main une équipe rétrogradée en Ligue 2 avec, pour objectif principal, la remontée en Ligue 1. Sous sa conduite, cet objectif est atteint grâce à la troisième place obtenue à l’issue de la saison.
En effet, les champions d’Ecosse en titre (et détenteurs du record de titres nationaux (55)), seulement 52e au classement UEFA à l’issue de la saison écoulée, ont déjà affronté l’OL en poules de Ligue des champions 2007-2008 pour une victoire de part et d’autre, 3 à 0 à chaque fois pour l’équipe visiteuse, avec une qualification pour les huitièmes acquise lors du dernier match en Ecosse pour les Rhodaniens. L’OL semble avoir fait le plus dur avec une victoire 1 à 0 en Russie grâce à une tête de Marcelo sur un corner de Memphis. Les Marseillais s’étant imposé facilement 2 à 0 chez les Niçois, ils restent premiers au classement, toujours devant les Girondins qui ont ramené les 3 points de la victoire (2-1) de Valenciennes. Mais en fait, dès ses débuts mitigés à Marseille – suivant ceux ratés avec les Bleus en 1986, le terme papinade a commencé à être utilisé par les supporters marseillais pour indiquer un incroyable raté, seul devant les cages ouvertes, le gardien éliminé.
Mais à la 16e minute de jeu, le défenseur marseillais fauche Vairelles dans la surface. Dès lors, le racing reprend des couleurs et le capitaine Yacine Abdessadki montre l’exemple en réduisant l’écart, puis c’est le défenseur Eugène Ekobo qui met les équipes à égalité à la pause. L’ironie du sort veut que le 25 août 2007, il s’engage avec le RC Lens succédant ainsi à Guy Roux, démissionnaire à la mi-temps du match, qui oppose ce jour-là, le Racing Club de Strasbourg au RC Lens au stade de la Meinau, match comptant pour la cinquième journée de championnat de L1 (score final 2-1). Avec un effectif qu’il n’a pas choisi, il ne réussit pas à redresser le club, malgré le sursaut survenu après la victoire en Coupe de la Ligue face à l’AS Monaco. Le 16 septembre 2014, il participe à son premier match européen lors de la première journée de phase de poule de Ligue des champions contre le Bayer Leverkusen. Paradoxalement, le Racing effectue un bon parcours en Coupe UEFA et se hisse jusqu’en huitièmes de finale après avoir terminé premier en phase de groupe avec notamment un match nul 1-1 sur le terrain de l’AS Rome. Le successeur de Tigana est Claude Puel, ancien footballeur qui passe toute sa carrière professionnelle à l’AS Monaco et y joue au total 601 matchs officiels de 1979 à 1996 avant de devenir préparateur physique et entraîneur de l’équipe réserve du club.