Les supporters désabusés réclament le départ du président Kita, dont la gestion du club est fortement remise en cause. René Girard est choisi pour entraîner l’équipe professionnelle du FC Nantes à partir de la saison 2016/2017. Une décision qui engendre une vague de protestations sur les réseaux sociaux à cause de son image d’entraîneur défensif et, dans une moindre mesure, de son passé bordelais (rival historique du FC Nantes). À vitesse réelle, la décision n’est pas évidente et Bruno Derrien invalide le but en s’appuyant sur l’avis de son arbitre de touche qui ne se situe pas à la bonne place pour juger. En fin de contrat, celui-ci annonce son départ du club au soir d’un match nul (1-1) à Marseille le 24 avril 2016, déclarant qu’il ne souhaite plus travailler avec son président. Son premier match contre Montpellier, le 13 décembre 2016, concernant les huitièmes de finale de la Coupe de la Ligue, s’achève avec une victoire 3-1, près de 10 mois après les derniers trois buts du FC Nantes à la Beaujoire (contre le Gazéléc Ajaccio).
Le 8 décembre 2016, nouveau maillot psg le Portugais Sergio Conceição est nommé nouvel entraîneur du FC Nantes. Afin de remonter la pente, un nouvel espoir du club fait ses bagages en décembre. Les résultats sont moins bons lors de la deuxième partie de saison, et le club se voit retirer les trois points gagnés lors de la première journée à la suite de l’affaire Touré. À l’été 1979, l’Argentin Enzo Trossero est recruté pour pallier le départ d’Omar Sahnoun, tandis que plusieurs jeunes intègrent l’équipe première comme José Touré et William Ayache. Nantes atteint les demi-finales de la Coupe de la Ligue et termine 13e en fin de saison (le club aurait été 8e sans l’« affaire Touré »). Le club, qui s’est incliné face à l’Inter Milan en coupe d’Europe, termine alors à la deuxième place. Le club obtient d’excellents résultats pendant la première partie de saison, conserve la 4e place pendant quatre journées consécutives et remporte des victoires de prestige à l’extérieur contre ses rivaux (0-3 à Bordeaux, 1-3 à Rennes et 0-1 à Marseille).
Nantes encaisse dans la foulée une lourde défaite à Rennes (4-1) qui met un terme quasiment définitif à ses rêves européens. En termes de jeu, Nantes propose sur cette période un jeu défensif et fermé, se reposant essentiellement sur le contre pour inscrire ses buts. Le style de jeu dit « à la nantaise » est peu à peu mis de côté par le club, voire oublié. Plus mauvaise performance offensive de l’histoire du club en première division, ex æquo avec celle de la saison 2006/2007. Ceci étant imputable au style de jeu défensif de l’équipe (15e possession du championnat avec 47 % de moyenne, mais 6e défense ce qui permet le maintien du club) et aux performances insuffisantes de ses attaquants. Le club se fait à cette époque une spécialité des meneurs de jeu internationaux de talent : le Polonais Bronisław Bula de 1978 à 1982, puis l’Algérien Djamel Tlemçani, remplacé en 1984 par le Danois Jens Jørn Bertelsen qui ne reste qu’un an. Parmi 11 joueurs français, trois parisiens sont sélectionnés en équipe de France cette saison : Blaise Matuidi, nouveau maillot om Yohan Cabaye et Lucas Digne. Blaise Matuidi ouvre le score à la 30e minute à la suite d’un caviar de Zlatan Ibrahimović.
Bastia-PSG (0-4) : revivez le match minute par minute ». Celui-ci, en guise de réponse, empêchera Der Zakarian de faire ses adieux à la tribune Loire en mettant le son de la sonorisation du stade au maximum lors du tour d’honneur traditionnel des joueurs et du staff après le dernier match à la Beaujoire face à Caen (ultime défaite à domicile pour les jaunes 1-2). Une attitude qui créera une vive polémique, et dont la direction démentira par la suite en être la responsable. Le pari est gagné : le club est champion de France en 1977 pour la quatrième fois de son histoire. 6e place du championnat et connaît de nouvelles désillusions en coupe d’Europe et coupe de France. Sous l’impulsion de Samuel Fenillat, un nouveau staff se met en place depuis le début de saison 2010 – 2011 avec Loïc Amisse et Stéphane Ziani. En 2003-2004, l’AJA termine quatrième et Cissé termine de nouveau meilleur buteur du championnat en ayant inscrit vingt-six buts. Der Zakarian s’en va en laissant l’image d’un homme compétent, sérieux et intègre, et ayant obtenu des résultats honnêtes avec des effectifs limités qualitativement. Mais aussi celle d’un entraîneur ayant eu des difficultés à bâtir une animation offensive cohérente et efficace.